Satoshi, Iris dan Dent melanjutkan petualangannya di daerah Isshu Timur. Di Daerah Isshu Timur ini, tidak hanya Pokemon dari Isshu saja yang ada, melainkan ada juga Pokemon dari Kanto, Johto, Hoenn, dan Sinnoh. Di perjalanan, mereka bertemu kembali dengan Shirona, Hikari dan Pochama. Mereka juga bertemu dengan Pokemon Legenda, Meloetta. Sakaki dan Tim Rocket mempunyai misi untuk menangkap Meloetta.
